দু’-দু’বার তাঁকে গ্রেফতার করে আদালতে মুখ পোড়ানোর পাশাপাশি দেশজুড়ে সমালোচনার মুখে পড়তে হয়েছে যোগী আদিত্যনাথ সরকারকে। এই অবস্থায় ফের যোগী সরকারের কু-নজরে চিকিৎসক কাফিল খান। রাজ্যে নতুন করে যে অপরাধী তালিকা তৈরি করেছে উত্তরপ্রদেশ সরকার, তাতে প্রথম ১০ জনের মধ্যে রয়েছে কাফিলের নাম। অর্থাৎ আজীবন তাঁর গতিবিধির উপর নজরদারি চালাবে রাজ্যের পুলিশ।
কাফিল খানের সঙ্গে যোগী সরকারের টানাপড়েনের শুরু ২০১৭ সালে, আদিত্যনাথ ক্ষমতায় আসার কয়েক মাস পরেই। গোরক্ষপুরের বিআরডি মেডিক্যাল কলেজে অক্সিজেনের অভাবে অন্তত ৬০টি শিশুর মৃত্যু হয়। সেই সময় পরিস্থিতি সামাল দিতে কাফিল নিজের ক্লিনিক থেকে হাসপাতালে অক্সিজেন সিলিন্ডার সরবরাহ করে বহু শিশুর প্রাণ বাঁচিয়েছিলেন বলে জানা যায়। ওই ঘটনায় দেশ জুড়ে সমালোচনার মুখে পড়ে যোগী সরকার। তদন্তে নেমে উল্টে কাফিলকেই গ্রেফতার করে যোগী সরকার। কিন্তু ৯ মাস পরে আদালত থেকে তিনি জামিন পান এবং দু’বছর ধরে বিভাগীয় তদন্তের পরে ২০১৯ সালে তাঁকে সমস্ত অভিযোগ থেকে রেহাই দেওয়া হয়। কিন্তু গোরক্ষপুর হাসপাতালে তাঁকে পুনরায় নিযুক্ত করতে বার বার অনুরোধ জানানো সত্ত্বেও সাড়া দেয়নি যোগী সরকার। ২০১৯ সালের ডিসেম্বরে আলিগড় মুসলিম বিশ্ববিদ্যালয়ে সংশোধিত আইন নিয়ে একটি বক্তৃতার জন্য ২০২০-র জানুয়ারিতে কাফিলকে ফের গ্রেফতার করে যোগী সরকার।