পাশাপাশি, তেহরিক-উল-মুজাহিদিন (টিউএম), ইন্ডিয়ান মুজাহিদিন, স্টুডেন্টস ইসলামিক মুভমেন্ট অব ইন্ডিয়া, দীনদার অঞ্জুমনের মতো ভারত বিরোধী সংগঠনগুলিকেও জঙ্গি সংগঠন হিসেবে চিহ্নিত করা হয়েছে। এর মধ্যে বিভিন্ন জঙ্গি কার্যকলাপে ইন্ডিয়ান মুজাহিদিনের নাম বার বার উঠে এসেছে।

আলবদর, জমিয়ত-উল-মুজাহিদিন, আল-কায়েদা এব‌ং এর ভারতীয় শাখার মতো বড় জঙ্গি সংগঠনগুলির নামও তালিকায় রয়েছে। তালিকায় রয়েছে দুখতারান-ই-মিল্লাত (ডিইএম) সংগঠনের নামও।

অতি বাম সংগঠনগুলির মধ্যে কমিউনিস্ট পার্টি অব ইন্ডিয়া (মাওবাদী), কমিউনিস্ট পার্টি অব ইন্ডিয়া (মার্কসবাদী-লেনিনবাদী) এবং মাওবাদী কমিউনিস্ট সেন্টার (এমসিসি)-এর সমস্ত সংগঠনগুলিকে নিষিদ্ধ করা হয়েছে।

তামিলদের জন্য পৃথক দেশ গড়ার দাবিতে লড়াই করা সংগঠনগুলি, যেমন লিবারেশন টাইগার্স অব তামিল ইলম, তামিলনাড়ু লিবারেশন আর্মি এবং তামিল ন্যাশনাল রিট্রিভাল ট্রুপস-এর মতো স‌ংগঠনকেও নিষিদ্ধ করা হয়েছে কেন্দ্রের তরফে।

জঙ্গি সংগঠন হিসেবে চিহ্নিত করে নিষিদ্ধ করা হয়েছে উত্তর-পূর্ব ভারতের বিচ্ছিন্নতাবাদী সংগঠন ইউনাইটেড লিবারেশন ফ্রন্ট অব অসম (আলফা), মণিপুর পিপলস লিবারেশন ফ্রন্ট (এমপিএলএফ), ন্যাশনাল সোশ্যালিস্ট কাউন্সিল অব নাগাল্যান্ড (খাপলাং), ন্যাশনাল ডেমোক্রেটিক ফ্রন্ট অব বোড়োল্যান্ড, পিপলস লিবারেশন আর্মি (পিএলএ), ইউনাইটেড ন্যাশনাল লিবারেশন ফ্রন্ট (ইউএনএলএফ), পিপলস্ লিবারেশন পার্টি অব কাংলেইপাক, কাংলেইপাক কমিউনিস্ট পার্টি (কেসিপি), কাংলেই ইয়াওল কানবা লুপ (কেওয়াইকেএল) এবং এদের সমস্ত সহযোগীদের।

ত্রিপুরার চরমপন্থী সংগঠন অল ত্রিপুরা টাইগার ফোর্স এবং ন্যাশনাল লিবারেশন ফ্রন্ট অব ত্রিপুরাকেও নিষিদ্ধ করা হল। ত্রিপুরায় দীর্ঘ দিন ধরে জঙ্গি কার্যকলাপ চালানোর অভিযোগ রয়েছে এই দু’টি সংগঠনের বিরুদ্ধে। ভারতের পার্বত্য এলাকার সক্রিয় সংগঠনগুলির মধ্যে নিষিদ্ধের তালিকায় রয়েছে অখিল ভারত নেপালি একতা সমাজ, গারো ন্যাশনাল লিবারেশন আর্মি, কামতাপুর লিবারেশন অর্গানাইজেশন-এর সমস্ত সংগঠনগুলি।

এ ছাড়াও জঙ্গি সংগঠন হিসেবে রাষ্ট্রপুঞ্জ দ্বারা চিহ্নিত এবং তালিকাভুক্ত সংগঠনগুলিকেও নিষিদ্ধ করা হয়েছে। নিষিদ্ধ ইসলামিক স্টেটের সমস্ত জঙ্গিগোষ্ঠীও।