দুর্গাপুজোর অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ অংশ এই সন্ধিপুজো। মহাষ্টমী এবং মহানবমীর সন্ধিক্ষণে হয় বলে তার এমন নামকরণ। মহাষ্টমীর শেষ ২৪ মিনিট এবং মহানবমীর প্রথম ২৪ মিনিট, অর্থাৎ মোট ৪৮ মিনিট ধরে চলে পুজো। ১০৮টি পদ্ম ও ১০৮টি প্রদীপ অর্পণ করা হয় দেবীর পায়ে।
সন্ধিপুজোয় দেবী দুর্গাকে পুজো করা হয় চামুণ্ডা রূপে। পুরাণ মতে, দুর্গা যখন মহিষাসুরের সঙ্গে যুদ্ধ করছিলেন, তখন তাঁকে আক্রমণ করে দুই অসুর চণ্ড ও মুণ্ড। চণ্ড ও মুণ্ডকে যে সন্ধিক্ষণে দেবী বধ করেছিলেন, তারই স্মরণে এই সন্ধি পুজোর আয়োজন।
অনেক সময়ে অষ্টমীর রাতে দেবীর পুজোর সময়ে অশোক গাছের ন’টি পাতা এবং একটি কলসি দেবী দুর্গার ছবির সামনে রেখে ব্রাহ্মী, মাহেশ্বরী, কৌমারী, বৈষ্ণবী, বারাহী, নারসিংহী, ইন্দ্রাণী এবং চামুণ্ডা দেবীর পুজো করা হয়। দেবীর মন্ত্র জপ করা হয় ১০৮ বার।
পুরাণ অনুযায়ী, সন্ধিপুজোর লগ্নে দেবী কালিকার জন্ম হয়েছিল দেবী অম্বিকার তৃতীয় নয়ন থেকে। যুদ্ধের সময়ে রক্তবীজ অসুরের সমস্ত রক্ত পান করে নেন দেবী কালিকা।
মনে করা হয়, এই সময়ে দেবীর মধ্যে সমস্ত মায়া-মমতার অবসান ঘটে। তাই পুজো চলাকালীন কোনও ব্যক্তিকে দেবীর চোখের সামনে রাখা হয় না।
সন্ধিপুজোর শেষ পর্যায়, অর্থাৎ শেষ ২৪ মিনিটে বলিদান হয়। অনেক জায়গায় ছাগল বলি আবার কিছু কিছু জায়গায় আঁখ, চালকুমড়ো, কলা প্রভৃতি বলি দেওয়া হয়। এ বছর সন্ধিপুজোর সময় বেলা ১১.৪৩ মিনিট থেকে দুপুর ১২.৩১ মিনিট।